Se advierte que los pueblos y comunidades indígenas tienen el derecho de elegir a sus autoridades de gobierno interno, de acuerdo con sus normas y prácticas tradicionales; que cada municipio será gobernado por un ayuntamiento integrado por un presidente municipal y el número de regidores y síndicos que la ley determine, y que, a falta de alguno de sus integrantes, será sustituido por el suplente respectivo o por algún otro miembro. 

Se advierte, por una parte, que es facultad del Congreso local expedir el decreto para que el Instituto Estatal Electoral y de Participación Ciudadana convoque a elecciones de los integrantes de los ayuntamientos, la cual se circunscribe a los procedimientos electorales en los que participan los partidos políticos, en tanto que, por otra parte, el legislador ordinario estableció diversos principios básicos, normas, medidas y procedimientos que buscan asegurar la protección y respeto de derechos de las comunidades indígenas. 

Se advierte que la consulta es una institución para la protección del ejercicio del derecho sustantivo de los pueblos indígenas a su autodeterminación y un medio para garantizar su observancia. Por lo tanto, resulta improcedente la consulta con la cual se genere la posibilidad inminente de cambiar el sistema normativo interno de elección de autoridades de un municipio previamente adoptado por la comunidad, por un sistema de partidos políticos, aun cuando los solicitantes superan en proporción considerable a los habitantes de la comunidad indígena.

Exige que en los casos relacionados con el derecho electoral indígena, se realice el estudio con una perspectiva intercultural. Lo anterior implica, en primer lugar, reconocer el pluralismo jurídico y que el derecho indígena cuenta con principios, instituciones y características propias, originadas a partir del desarrollo histórico y cosmovisión de los pueblos originarios y que son distintas a las generadas en el derecho legislado formalmente. 

Implica una modificación sustancial del paradigma del sistema jurídico mexicano, al reconocer que el derecho indígena, conformado por los distintos sistemas normativos de cada pueblo y comunidad, se encuentra al mismo nivel que el derecho formalmente legislado. Por tanto, el derecho indígena no debe ser considerado como simples usos y costumbres, que conforme al sistema de fuentes del derecho, constituyen una fuente subsidiaria y subordinada, pues se trata de dos ordenamientos jurídicos distintos que se encuentran en una relación de coordinación.