Los partidos políticos tienen la responsabilidad de proteger los derechos político-electorales de sus integrantes, empezando por el derecho fundamental de libre afiliación. Por lo que deben garantizar que la incorporación de sus militantes sea un acto genuino y voluntario, libre de presiones o coacciones, por lo que deben resguardar la documentación que acredite dicha voluntad para demostrar la transparencia y legitimidad de su proceso de afiliación ante la autoridad electoral.
Una de las problemáticas a las que el TEPJF se ha enfrentado ha sido que diversas personas han presentado quejas y solicitudes de baja del padrón de afiliados a diversos partidos, al desconocer la razón por la cual aparecen en ellos o porque a pesar de haber solicitado su baja, continúan apareciendo en los listados.
