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La estructura orgánica básica del Tribunal Electoral mantiene una conformación organizativa descendente, contemplada hasta el nivel de dirección general, integrada por las unidades administrativas, cuyas atribuciones se encuentran conferidas en la Ley Orgánica del Poder Judicial de la Federación y en el Reglamento Interno del propio Tribunal.
Su diseño busca identificar las áreas cuyas funciones se orientan a la impartición de justicia electoral, las que brindan apoyo técnico-jurídico a la función jurisdiccional y las que centran su operación en actividades de carácter administrativo; todas estas, en su conjunto, contribuyen al cumplimiento del mandato constitucional conferido al órgano jurisdiccional electoral.
El Tribunal está organizado en una Sala Superior, integrada por 7 Magistraturas, y cinco Salas Regionales, con 3 Magistraturas cada una. Cada sala regional cuenta con una Secretaría General de Acuerdos, en apoyo a la función jurisdiccional.
Para su óptimo desempeño, cuenta con ocho unidades de apoyo:
1) Comunicación Social.
2) Jurisprudencia, Seguimiento y Consulta.
3) Relaciones Institucionales Internacionales.
4) Relaciones Institucionales Nacionales.
5) Documentación.
6) Transparencia, Acceso a la Información y Protección de Datos Personales.
7) Asuntos Jurídicos.
8) Igualdad de Derechos y Paridad de Género.
El Tribunal Electoral dispone de un área administrativa adjetiva, a cargo de la Secretaría Administrativa, de la que dependen ocho direcciones generales:
1) Planeación y Evaluación Institucional.
2) Administración Regional.
3) Adquisiciones, Servicios y Obra Pública.
4) Mantenimiento y Servicios Generales.
5) Protección Institucional.
6) Recursos Financieros.
7) Recursos Humanos.
8) Sistemas.
Asimismo, cuenta con tres órganos auxiliares de fiscalización: la Visitaduría Judicial, la Contraloría Interna y la Dirección General de Investigación de Responsabilidades Administrativas, así como con tres instancias sustantivas: la Escuela Judicial Electoral y la Defensoría Pública Electoral y Defensoría Pública Electoral Especializada en la Atención de Asuntos de Violencia Política.
