El Tribunal está organizado en una Sala Superior, integrada por 7 Magistraturas, y cinco Salas Regionales, con 3 Magistraturas cada una. Cada sala regional cuenta con una Secretaría General de Acuerdos, en apoyo a la función jurisdiccional. Se cuenta también con una Sala Especializada para atender asuntos relacionados con la fiscalización de los recursos de los partidos, la propaganda y los actos anticipados de campaña.

Para su óptimo desempeño, cuenta con ocho unidades de apoyo:
1) Comunicación Social.
2) Jurisprudencia, Seguimiento y Consulta.
3) Relaciones Institucionales Internacionales.
4) Relaciones Institucionales Nacionales.
5) Documentación.
6) Transparencia, Acceso a la Información y Protección de Datos Personales.
7) Asuntos Jurídicos.
8) Igualdad de Derechos y Paridad de Género.

El Tribunal Electoral dispone de un área administrativa adjetiva, a cargo de la Secretaría Administrativa, de la que dependen ocho direcciones generales:
1) Planeación y Evaluación Institucional.
2) Administración Regional.
3) Adquisiciones, Servicios y Obra Pública.
4) Mantenimiento y Servicios Generales.
5) Protección Institucional.
6) Recursos Financieros.
7) Recursos Humanos.
8) Sistemas.
Asimismo, cuenta con tres órganos auxiliares de fiscalización: la Visitaduría Judicial, la Contraloría Interna y la Dirección General de Investigación de Responsabilidades Administrativas, así como con dos instancias sustantivas: la Escuela Judicial Electoral y la Defensoría Pública Electoral para Pueblos y Comunidades Indígenas.